Homozygotyczne duplikacje przyczyniają się do powstawania chorób genetycznych poprzez zmienianie dawki genów lub zakłócanie regulacji genów i mogą być bardziej szkodliwe dla funkcjonowania organizmu niż heterozygotyczne duplikacje. Wewnątrz-genowe duplikacje eksonów mogą prowadzić do powstawania alleli powodujących utratę funkcji (LoF) lub zyskiwanie funkcji (GoF), które, gdy występują w stanie homozygotycznym, mogą prowadzić do autosomalnie recesywnych (AR) rzadkich chorób genetycznych. Jednak wykrywanie i funkcjonalna interpretacja homozygotycznych duplikacji z danych sekwencjonowania eksomowego (ES) pozostaje wyzwaniem. Opracowaliśmy algorytm, HMZDupFinder, zaprojektowany do wykrywania homozygotycznych duplikacji eksonów z danych ES. Algorytm HMZDupFinder w sposób efektywny przetwarza duże zestawy danych, co umożliwia dokładną identyfikację małych wewnątrzgenowych duplikacji, w tym tych związanych z rzadkimi cechami chorobowymi. HMZDupFinder wykrył 965 homozygotycznych duplikacji zawierających trzy lub mniej eksonów z 8,707 ES z wskaźnikiem czułości 70,9% i precyzją 16,1%. Eksperymentalnie potwierdziliśmy 8/10 rzadkich homozygotycznych duplikacji. Ocena patogenności tych alleli z wariantami liczby kopii umożliwiła identyfikację  trzech klinicznie istotnych homozygotycznych duplikacji, w tym dwóch wpływających na znane geny chorób OMIM: EDAR (MIM# 224900), TNNT1 (MIM# 605355) oraz jeden wariant w nowym kandydackim genie choroby: PAAF1.