Przedstawiamy nowatorską, ekologiczną metodę syntezy nanocząstek selenu (SeNP) wspomaganą mikrofalami, wykorzystującą ekstrakt drożdżowy jako źródło nietoksycznych środków redukujących. W ramach badania oceniono wpływ syntezy i warunków trawienia w przewodzie pokarmowym na rozkład wielkości cząstek biogennego Se i stężenie liczbowe przy użyciu SP ICP MS. Mediana równoważnej średnicy SeNP zmieniała się w zależności od warunków syntezy. Po inkubacji w symulowanym soku żołądkowym zaobserwowano wzrost wielkości SeNP, natomiast po dodaniu symulowanego soku jelitowego ich wielkość wróciła do wartości początkowej. Biomolekuły zawarte w ekstrakcie drożdżowym, które odgrywają dominującą rolę w syntezie SeNP, zidentyfikowano metodą nieukierunkowanej analizy jakościowej przy użyciu LC Orbitrap ESI MS. Zastosowanie najnowocześniejszych technik MS pozwoliło zarówno na wszechstronną ocenę procesów prowadzących do powstania SeNP, jak i ocenę ich zachowania w warunkach żołądkowo-jelitowych, co ma ogromne znaczenie dla ich wykorzystania jako nowego źródła selenu.