3D-GNOME 3.0: a three-dimensional genome modelling engine for analysing changes of promoter-enhancer contacts in the human genome
Publikacja opisuje zaktualizowaną wersję silnika modelowania genomu trójwymiarowego do analizy zmian kontaktów między promotorem a wzmacniaczem w ludzkim genomie. W bieżącej wersji dodano funkcję analizowania zmian odległości przestrzennych między promotormi a wzmacniaczami w zespołach modeli chromatyny 3D, zaktualizowano zbiory danych o nowatorskie pętle chromatyny CTCF i RNAPII ChIA-PET uzyskane z linii komórkowej GM12878 zmapowanej do montażu genomowego GRCh38 oraz rozszerzono zbiór danych 1000 Genomes SVs. Szereg zastosowanych rozwiązań przyniósł przyspieszenie o 30 razy i poprawę wizualizacji i analizy danych. Efekty pracy można bezpłatnie oglądać na serwerze 3D-GNOME 3.0, który dostarcza unikalnych spostrzeżeń dotyczących mechanizmu topologicznego wariacji ludzkich na skalę populacyjną z dużym przyspieszeniem.
Artykuł:
Nucleic Acids Research
Autorzy z PW:
Michał Własnowolski, Michał Kadlof, Kaustav Sengupta, Dariusz Plewczyński
Dyscyplina:
Rok wydania: