Badanie struktury 3D chromatyny dostarcza nowych wglądów w regulację transkrypcyjną. Wraz z rozwojem metod sekwencjonowania następnej generacji 3C, takich jak ChiA-PET i Hi-C, wzrost wolumenu danych podkreślił potrzebę bardziej efektywnych algorytmów modelowania przestrzennego chromatyny. W niniejszym badaniu przedstawiono metodę cudaMMC, opartą na podejściu Monte Carlo z symulowanym wyżarzaniem i wzbogaconą o obliczenia przyspieszane przez GPU, aby efektywnie generować zespoły struktur 3D chromatyny.

Obliczenia cudaMMC wykazują znacznie szybszą wydajność przy lepszej stabilności w porównaniu z naszą wcześniejszą metodą na tym samym stanowisku roboczym. cudaMMC znacząco redukuje również czas obliczeń wymagany do generowania zespołów dużych modeli chromatyny, co czyni go niezastąpionym narzędziem do badania przestrzennego ukształtowania chromatyny.

Oprogramowanie open-source, instrukcje obsługi oraz przykładowe dane są dostępne bezpłatnie na https://github.com/SFGLab/cudaMMC.